Curso de Espectroscopía en herbario con MicroNIR

Teoría y práctica

Presentación

¡Sean bienvenidos(as)!😊

Este curso fue desarrollado para capacitar a funcionarios y becarios en el uso del espectrómetro portátil MicroNIR, abarcando desde la configuración inicial del equipo hasta el análisis de los datos espectrales.

A lo largo de tres días de actividades teóricas y prácticas, los participantes explorarán los fundamentos de la espectroscopía en el infrarrojo cercano (NIR) y su aplicación en la identificación de plantas.

Además, el curso busca identificar desafíos prácticos en el uso del equipo, contribuyendo al desarrollo de un protocolo de aplicación en el marco del Proyecto SpectraPop.

Detalles del curso

Dónde: Herbario INPA (1.er piso, Sala IFN), Av. André Araújo, 2.936 - 69067-375 - Petrópolis, Manaus, Amazonas, Brasil.

Fecha: Del 2 al 4 de abril de 2025.

Público objetivo: Funcionarios y becarios involucrados en el flujo de trabajo del herbario que tengan interés en el uso de la espectroscopía portátil para la investigación científica.

Número de cupos: 13 (participantes seleccionados previamente).

Carga horaria: 18 h (con emisión de constancia de participación).

Formato: Híbrido, con clases teóricas virtuales y clases prácticas presenciales. Habrá cuatro laptops disponibles para las clases prácticas, y las actividades se realizarán en cuatro grupos.

Material: Las diapositivas, los scripts y los datos obtenidos durante el curso se pondrán a disposición directamente de los alumnos o a través de GitHub.

Observaciones importantes:

  • Los participantes externos deben presentar un documento de identidad con foto (p. ej., cédula de identidad o documento nacional) e informar en cualquier portería del INPA que están participando en una capacitación en el Herbario INPA.

  • Para las clases teóricas, los participantes pueden seguirlas desde su casa o utilizar las instalaciones del INPA. En este último caso, por favor, avísennos con anticipación.

  • Al finalizar el curso, cada participante debe responder un formulario de aprovechamiento para evaluar la capacitación y aportar sugerencias para mejorar el protocolo de uso del MicroNIR, que en el futuro se pondrá a disposición de toda la comunidad interesada.

Cronograma

Visión general

Las actividades del taller se realizarán durante tres días consecutivos, de miércoles a viernes.

Las sesiones de la mañana serán de 09:00 a 12:00 (hora estándar de Amazonas).

Las sesiones de la tarde serán de 14:00 a 17:00 (hora estándar de Amazonas).

Línea de tiempo

Día 1 (miércoles)

Mañana (Flávia)

Fundamentos teóricos de la espectroscopía NIR y sus aplicaciones

Enlace para acceder a la clase: https://meet.jit.si/Spectrapop

Enlace para acceder a la lista de asistencia: https://forms.gle/PTZiQRaphvAgcDwu7

Video: Tour del Espectro Electromagnético (NASA): https://www.youtube.com/watch?v=2p7FPFvu_j0

Tarde (Caroline)

  • Presentación del dispositivo NIR-S-G1 (MicroNIR, InnoSpectra Corp.) y accesorios

  • Configuración de la aplicación ISC-NIRScan GUI (laptop y smartphone)

  • Calibración, recolección de datos espectrales y cuidados necesarios en la obtención de los espectros

  • Comprensión de los archivos de salida

Enlace para acceder a la lista de asistencia: https://forms.gle/7Y52iFG1BNhstmey6

Día 2 (jueves)

Mañana (Caroline)

Ejercicio práctico de adquisición de lecturas espectrales - Ejemplo con algunas de las especies CITES (Convención sobre el Comercio Internacional de Especies Amenazadas de Fauna y Flora Silvestres) enumeradas a continuación:

Id Familia Especie
1 Bignoniaceae Handroanthus barbatus
2 Bignoniaceae H. capitatus
3 Bignoniaceae H. impetiginosus
4 Bignoniaceae H. incanus
5 Bignoniaceae H. ochraceus
6 Bignoniaceae H. serratifolius
7 Bignoniaceae Tabebuia aurea
8 Bignoniaceae T. insignis
9 Meliaceae Cedrela odorata
10 Fabaceae Dipteryx magnifica
11 Fabaceae D. odorata
12 Fabaceae D. polyphylla
13 Fabaceae D. punctata

Enlace para acceder a la lista de asistencia: https://forms.gle/ucjn7CXmNSVrbKdH7

Tarde (Caroline)

  • Instalación de las bibliotecas necesarias

  • Cómo importar las lecturas espectrales a R

  • Cómo visualizar espectros y evaluar la calidad de los datos espectrales

  • Cómo preparar los conjuntos de datos para el análisis

Enlace para acceder a la lista de asistencia: https://forms.gle/WnXsJYpzR1aw5kxT8

Día 3 (viernes)

Mañana (Flávia)

Fundamentos teóricos de la espectroscopía NIR y sus aplicaciones

Enlace para acceder a la clase: https://meet.jit.si/Spectrapop

Enlace para acceder a la lista de asistencia: https://forms.gle/j6JUzh1RKtncAZT67

Tarde (Caroline)

  • Análisis discriminante (LDA) con validación cruzada Leave-One-Out (LOO)

  • Evaluación básica de los modelos (exactitud y matriz de confusión)

  • Responder el formulario de aprovechamiento del curso

Enlace para acceder a la lista de asistencia: https://forms.gle/BtVwHsepLdAKL55R7

Enlace para acceder al formulario de retroalimentación: https://forms.gle/jFX8RhJp2MVVybRa9

Equipo de organización y capacitación

Profa. Dra. Flávia Durgante (Coordinadora del Proyecto SpectraPop), KIT/MAUA/INPA

Dra. Caroline Vasconcelos (Becaria AT/III del Proyecto SpectraPop), INPA

Prof. Dr. Michael Hopkins (Colaborador), Curaduría del Herbario INPA

Financiamiento

Este curso forma parte del Proyecto “Popularización del uso de la Firma Espectral de la Especie en la identificación de los árboles del Manejo Forestal Sostenible en la Amazonía - SPECTRA POP”, financiado por la Fundación de Apoyo a la Investigación del Estado de Amazonas (FAPEAM), Convocatoria n.º 006/2024 - Mulher Faz Ciência (Proceso n.º 01.02.016301.04984/2024-17), y cuenta con el apoyo del Herbario INPA a través de la Convocatoria pública MCTI/FINEP/FNDCT n.º 02/2016 – Centros Nacionales Multiusuarios.

Participantes

Participantes del 1.er Curso del Proyecto SpectraPop, Herbario INPA, abril de 2025.